肥料溶解于水中后，由于其碱基和酸根的相对强弱关系导致肥料水溶液的pH值有呈酸性或碱性反应的差异。依据pH值的高低，可将肥料区分成酸性肥料、中性肥料和碱性肥料。
从肥料组成分的碱基和酸根的强弱势也可判断肥料在化学属性是中性、酸性或碱性。例如硫酸铵是由强酸和弱碱组成，所以其水溶液呈微酸性；硫酸钾是由强酸和强碱组成，所以其水溶液呈中性；碳酸钾是由弱酸和强碱组成，所以其水溶液呈微碱性。有一些肥料在制造过程中残留部分游离酸，例如过磷酸钙常含有游离硫酸，其水溶液也呈微酸性。常用肥料有酸碱性参考表1。
肥料有化学酸碱反应的特性，所以在混合肥料时要注意酸和碱混合会发热、碱和碱混合时会造成脱氨等情况。
长期施用单一化肥，特别容易导致土壤盐碱化，酸化，板结。
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